El Consejo de Rectoría es el estamento del Gimnasio Moderno que funciona a manera de cuerpo consultivo de la Rectoría. Está conformado, en primer lugar, por el Rector, que lo preside; el Vicerrector, el Secretario General y la Procuraduría. Los coordinadores de cada una de las secciones o de los departamentos asistirán en calidad de invitados cuando la situación lo amerite. Sesiona de manera ordinaria una vez por semana y representa un colectivo de trabajo que tiene a su cuidado interpretar el proceso educativo de manera integral, para ofrecer así un conjunto de directrices a las actividades docentes y administrativas.