La academia y la pedagogía del Gimnasio, su proyección externa y su labor social, están soportadas por un cuidado administrativo muy riguroso. Los principios de este trabajo son en realidad los mismos: honestidad y esfuerzo continuo, confianza y compromiso con el conocimiento, un trato humano y democrático.

La Procuraduría tiene a cargo la gestión administrativa y financiera del colegio y es su tarea velar por que el colegio disponga para la prestación del servicio educativo, de los recursos humanos, económicos, materiales y tecnológicos necesarios para cumplir su propósito. La Procuraduría tiene bajo su control las áreas de Recursos Humanos, Contable, Servicios Generales, Compras, Mantenimiento de Infraestructura, Seminternado y Transporte. Es la encargada de realizar anualmente el presupuesto de la fundación para su aprobación por parte del Consejo Superior, con el fin de garantizar que este permita cumplir con la misión y visión del colegio, y que a su vez las finanzas del colegio se mantengan equilibradas y sanas.

Dicho presupuesto se evalúa midiendo su ejecución, de manera que garantice el adecuado control de los dineros aprobados para cada actividad de la fundación. El Procurador actúa como representante legal de la fundación y lidera las áreas de apoyo a la labor académica del colegio. Como herramienta de control, la fundación cuenta con un revisor fiscal, nombrado anualmente por la Sala Plena, el cual permite garantizar que los procesos y procedimientos administrativos y financieros cumplen con lo estipulado en las normas legales vigentes.

La fundación cuenta con un organigrama que refleja los niveles de autoridad y la delegación de la misma, y establece una organización en función de los procesos que se desarrollan en el colegio. Por otra parte, tiene un Manual de Funciones de acuerdo con los procesos que aparecen en el organigrama, que establece las funciones de cada cargo y sus responsabilidades frente a la labor encomendada.