El Consejo Superior, por su parte, es el depositario de la soberanía de la fundación y en tal sentido es su máximo órgano de dirección. Lo componen siete miembros que se eligen por la Sala Plena para periodos de un año, reelegibles de forma indefinida. En él reside naturalmente la orientación administrativa y educativa del colegio conforme con los ideales fundacionales del mismo. Lo preside un consejero elegido internamente y cuenta con un secretario. Como órgano supremo, se reúne por derecho propio y de forma ordinaria por lo menos una vez al mes; sus actos se denominan “resoluciones” y sus sesiones se encuentran debidamente documentadas en actas que reflejan la historia del Gimnasio en su día a día. Sus funciones específicas, según los estatutos de la fundación, son de un resorte naturalmente ejecutivo y consultivo e incluyen, entre otras, la facultad para aprobar los negocios jurídicos que impongan obligaciones a la fundación; la potestad para nombrar y remover libremente al rector, al procurador, a los suplentes de estos y al secretario general; la aprobación de la política educativa, junto con los planes de enseñanza que le proponga el rector, y establecer normas para el gobierno del Gimnasio Moderno o de cualquier otro plantel educativo del que sea dueña la fundación. Asimismo, en concordancia con su carácter, conoce, controla u objeta las cuentas de la administración de los bienes de la fundación que le presenta el procurador para su consideración.

El imponente Edificio Principal, antes de las obras de reforzamiento estructural y restauración integral.