El gobierno colegiado de la Fundación Gimnasio Moderno lo conforman el Cuerpo de Electores, la Sala Plena y el Consejo Superior. Se habla de gobierno colegiado de la Fundación Gimnasio Moderno y no simplemente del Gimnasio Moderno, porque la fundación, como persona jurídica, tiene la posibilidad de ejercer derechos y obligaciones, y no el colegio Gimnasio Moderno, del cual es dueño la fundación. Para la integración o nombramiento de cada uno de los órganos señalados antes, los estatutos de la fundación prevén un sistema circular de designación en virtud del cual el Cuerpo de Electores elige a los doce miembros de la Sala Plena; estos, a su vez, nombran a los siete miembros del Consejo Superior y sobre ellos descansa la facultad de proponer, para aprobación de la Sala Plena, los nombres de aquellas personas que deban ser inscritas en el Cuerpo de Electores.
El Cuerpo de Electores
El Cuerpo de Electores es la base amplia sobre la que descansa la estructura democrática de la fundación. Dicho Cuerpo de Electores está constituido por los que se llaman estatutariamente benefactores de la fundación, por un número limitado de alumnos así como también por empleados, exalumnos y otras personas de la comunidad que se hayan ganado el honor de pertenecer a este órgano. Su principal deber es servir de protectores natos de la fundación y ejercer su derecho al voto para elegir a los doce miembros de la Sala Plena.
La Sala Plena
La Sala Plena, como se señaló antes, está integrada por doce personas elegidas para periodos de tres años reelegibles indefinidamente. Se reúne tres veces de forma ordinaria en el curso del año por convocatoria de su presidente y sus actos se llaman “acuerdos”. En la primera de ellas, fundamentalmente, recibe los informes del Consejo Superior, del rector, del procurador y del revisor fiscal. En la segunda, da posesión a sus nuevos miembros y considera un informe de las actividades del colegio en el primer semestre; en la tercera, conoce el presupuesto de la vigencia del año siguiente y designa a los consejeros que formarán parte del Consejo Superior para el periodo anual que comienza a partir del primero de enero. Además de estas funciones, tiene la competencia para la reforma de los estatutos de la fundación, para remover libremente, con el voto de las dos terceras partes de sus miembros, a uno o más de los integrantes del Consejo Superior, y para llenar las vacantes que pueda haber al interior de este, entre otras.
El Consejo Superior
El Consejo Superior, por su parte, es el depositario de la soberanía de la fundación y en tal sentido es su máximo órgano de dirección. Lo componen siete miembros que se eligen por la Sala Plena para periodos de un año, reelegibles de forma indefinida. En él reside naturalmente la orientación administrativa y educativa del colegio conforme con los ideales fundacionales del mismo. Lo preside un consejero elegido internamente y cuenta con un secretario. Como órgano supremo, se reúne por derecho propio y de forma ordinaria por lo menos una vez al mes; sus actos se denominan “resoluciones” y sus sesiones se encuentran debidamente documentadas en actas que reflejan la historia del Gimnasio en su día a día. Sus funciones específicas, según los estatutos de la fundación, son de un resorte naturalmente ejecutivo y consultivo e incluyen, entre otras, la facultad para aprobar los negocios jurídicos que impongan obligaciones a la fundación; la potestad para nombrar y remover libremente al rector, al procurador, a los suplentes de estos y al secretario general; la aprobación de la política educativa, junto con los planes de enseñanza que le proponga el rector, y establecer normas para el gobierno del Gimnasio Moderno o de cualquier otro plantel educativo del que sea dueña la fundación. Asimismo, en concordancia con su carácter, conoce, controla u objeta las cuentas de la administración de los bienes de la fundación que le presenta el procurador para su consideración.

El imponente Edificio Principal, antes de las obras de reforzamiento estructural y restauración integral.
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