El Secretario General es un órgano de la Fundación Gimnasio Moderno, y además un empleado de dirección y confianza, nombrado por el Consejo Superior. Fuera de lo estrictamente estatutario y jurídico, el Secretario General del Gimnasio Moderno ejerce funciones propias de una Secretaría General, tal como se conoce en el mundo empresarial, y de una Secretaría Académica, como se la denomina en cualquier institución educativa. Su tarea principal es mediar entre los estamentos de la comunidad en áreas administrativas, académicas e incluso formativas, y ser un enlace entre Rector, Procurador y Vicerrector, por un lado, y el Consejo Superior, la Sala Plena y el Cuerpo de Electores, por otro.

Con carácter de garante y guardián de fe, el Secretario General coordina e interviene cada año en el proceso de elección de la tercera parte de los integrantes de la Sala Plena. Apoya en materia legal a la Fundación como persona jurídica y al colegio como establecimiento educativo. Revisa todos los contratos y convenios y custodia los documentos legales de la fundación. Le corresponde, además, la vigilancia directa o a través de asesores jurídicos externos, de los procesos prejudiciales o judiciales en los que esté inmersa la Fundación Gimnasio Moderno.