Según los Estatutos de la Fundación Gimnasio Moderno, el rector tendrá un suplente que lo reemplace en sus ausencias temporales o absolutas. El vicerrector, la mano derecha del rector, es su principal apoyo en la gestión y el gobierno interno del colegio, especialmente en las áreas formativas y académicas. En esta labor destacan las siguientes funciones: es el líder y coordinador del programa formativo del colegio. Hace seguimiento y brinda apoyo a todos los programas educativos que se estén implementando. Coordina el grupo de maestros y participa en la selección de los nuevos profesores. El vicerrector es un puente entre profesores, padres y estudiantes con la Rectoría, y coordina al equipo directivo del colegio. Los objetivos de la Vicerrectoría se inscriben dentro del proyecto de la Rectoría y sus Líneas Estratégicas.