El PEI responde al cambio fundamental que se dio en la política educativa del país con motivo de la Ley General de Educación, (Ley 115 de 1994) y el Decreto Reglamentario 1860 del mismo año. Antes de esta fecha no se les exigía a los colegios un documento de ley que trazara sus rutas. En el caso del Gimnasio Moderno, en sus más de cien años de historia, las máximas fuente de inspiración habían sido los textos de los fundadores: los libros de Agustín Nieto Caballero, especialmente, Una Escuela y Los Maestros; los escritos de Tomás Rueda Vargas y Ernesto Bein; los Estatutos del
colegio, para no mencionar los aportes decisivos de los estudiantes a través de medios como El Pichón, El Huevito, El Aguilucho – la revista ininterrumpida más antigua de Colombia -, Radio Gimnasio Moderno y La Raqueta Televisión. Sólo en 1997 el colegio tuvo su primer PEI. Este PEI fue revisado en 2002 con la redacción de un nuevo documento, Volver a la Madera, que estuvo vigente en el colegio hasta hoy. Vuelo al Bicentenario: Un viaje formativo hacia la libertad, la democracia, el liderazgo, los valores éticos y la innovación, es la tercera versión del Proyecto Educativo
Institucional del Gimnasio Moderno. Con él, se quiere mostrar la plena vigencia de una idea educativa, además de las metas de un colegio que quiere brindarles a sus estudiantes las habilidades y el carácter que les permitan asumir los desafíos globales del siglo XXI con responsabilidad y alegría.